Honfleur a été du XIIème au XVème siècle une importante place forte. Sa situation géographique à l'embouchure de la Seine lui a permis de deveir à la fois un port d'estuaire et un port de mer. Honfleur était tourné vers la défense de la Seine, fleuve royal et a consitué aussi un point de départ pour de grandes expéditions vers le Nouveau monde.

La cité Honfleuraise a joué un rôle important au XIVème siècle pendant la guerre de cent ans. Occupée plusieurs fois par les anglais au XIVème siècle. à la fois, le roi Charles V décide, compte tenu de sa situation, de réaliser des travaux de fortification afin d'en faire un bastion défensif contre les envahisseurs anglais. La cité a ainsi assuré ce rôle défensif sous Charles V et Charles VI entre 1415 et 1419. Le port de Honfleur a aussi servi de base à plusieurs expéditions menées contre l'Angleterre.

Malgré un renforcement de ses fortifications, la cité est reprise par les anglais en 1419. Elle ne reviendra à la France que 32 ans plus tard gâce à la victoire de Dunois. La cité honfleuraise est ensuite reconstruite sous le règne de Louis XI.

Honfleur fut, aux XVIème et XVIIème siècles, le point de départ d'expéditions maritimes vers le Nouveau Monde et en particulier vers le Canada.

Plusieurs expéditions furent menées à partir du port de Honfleur au XVIème siècle : ainsi Binot Paulmier de Gonneville vers le Brésil en 1503, Jean Denis vers Terre Neuveet l'embouchure du saint Laurent. Ces expéditions lointaines reprennent après les guerres de religion du XVIème siècle et notamment vers le Canada. Ainsi pierre de Chauvin, Dupont-Gravé ou Samuel de Champlain.

L'expédition de Samuel de Champlain partie de Honfleur en 1608 est à l'origine de la Fondation de Québec.