Honfleur peut accueillir en saison voiliers et yachts de plaisance au centre de la cité dans ce décors assez extraordinaire du Vieux Bassin bordé à l'Ouest de ses hautes maisons étroites à la façade garnie d'ardoises. De nombreuses manifestations nautiques, Régates, Rallyes sont organisées chaque année avec le concours du Cercle Nautique de Honfleur. Le Vieux Bassin accueille aussi les vieux gréements.

les bateaux de pêche sont amarrés dans l'avant port de honfleur. L'activité de pêche cotière est pratiquée par une trentaine de bateaux. Parmi les nombreuses espèces de poissons et crustacés, les pêcheurs de Honfleur ont sont spécialisés sur la coquille Saint jacques et la crevette grise.

Le port de Honfleur, port martime et port fluvial a pu se développer grâce à des terrains gagnés sur la mer et à la construction de quais et d'une infrastructure portuaire. Il accueille aujourd'hui des navires d'un tonnage plus important, transportant notamment des hydrocarbures, des argiles et des bois.

Honfleur a aussi sa plage : la plage du Butin. La promenade de la jetée permet d'y accéder à pied. On y accède aussi en voiture par la route de la côte.